Kr. e. 5200 körül már lakott sziget volt, fejlett történelem előtti civilizációval. Kr. e. 3500 után mintegy évezreden át templomokat emeltek, ezekből több fennmaradt, ma is látható. Ilyen templom például a Gozo szigetén található Ggantija, amely jelenlegi tudásunk szerint a Föld legrégebbi szabadon álló építménye, idősebb, mint a Stonehenge, vagy az egyiptomi piramisok. (lásd: megalitikus kultúra) Kr. e. 1000 körül a föníciaiak a főszigetet Malet-nak, "biztonságos kikötő"-nek nevezték el. Kr. e. 400 körül a sziget Karthágó fennhatósága alá került Melita néven. Kr. e. 200 körül a rómaiak foglalták el.
60-ban Pál apostol hajótörést szenved Máltán, kb. három hónapot töltött a szigeten. Róla nevezték el a sziget É-Ny-i részén lévő öblöt. Az őskeresztények katakombái ebből az időből maradtak fenn. 870-től arab uralom, jelentősen befolyásolták a helyi kultúrát, főként a máltai nyelvet. Ekkor lett a sziget Malta. 1127-ben a szicíliai normannok jöttek, ekkor Málta újra keresztény lett. Körülbelül ekkor jött létre a máltai nemesség, amely ma is létezik, 32 nemesi címet még ma is használnak, ezek közül a legrégebbi: Djar il Bniet és Buqana bárója.
1530-ban a szigeteket a Jeruzsálemi Szent János Lovagrendnek adományozták, akiket kiűzött Rodoszról a terjeszkedő Oszmán Birodalom. 1565-ben A harcos szerzetesrend, akik ma "Szuverén Máltai Lovagrend" néven ismertek, visszaverte a török (oszmán) támadást. Ezután megerősítették a sziget erődítményeit, különösen Valletta körül.
1798-ban a lovagrend uralma véget ért. I. Napóleon meghódította Máltát. 1800-ban a britek foglalták el a szigeteket. 1814-ben a párizsi szerződés részeként, Málta hivatalosan is a Brit Birodalom része lett.
1879-től a Máltai Lovagrend nagymestere ország nélküli államfőként regnál.
Brit flottatámaszpontként és hajózási csomópontként szolgált. Ez volt gazdasági életének alapja. Az 1930-as évek elején a brit földközi-tengeri flotta főhadiszállását gazdasági megfontolásból Egyiptomba, Alexandriába költöztették. Ez súlyosan érintette a sziget gazdaságát. Málta szigete a világ legjobban megerősített helyei közé tartozott. A kb. fél budapestnyi területű szigeten a II. világháború során négy repülőtér (Luqa vagy Safi, Ta Qali, Hal Far, Kalafrana) is volt a számtalan erődítményen kívül. Fontos szerepet játszott a tengelyhatalmak hajózási útvonalaihoz való közelsége miatt; a máltaiak bátorságukért megkapták a György-keresztet, amely azóta is az ország zászlaján látható.
1964. szeptember 21-én az ország függetlenné vált. Az ekkor született alkotmány még megtartotta II. Erzsébet brit királynőt mint Málta államfőjét, akit a szigeten egy főkormányzó képviselt; de 1974. december 13-án, a köztársaság létrejöttekor az elnök lett az államfő. 1964 óta a Nemzetközösség és az ENSZ, valamint 2004. május 1. óta az Európai Unió tagja.
